O texto constitucional é expresso no art. 31 quanto à competência da Câmara Municipal para o julgamento das contas de prefeito, cabendo ao Tribunal de Contas a emissão de parecer prévio, o que se aplica, inclusive, a eventuais atos de ordenação de despesas.
Nos termos do inciso VI do art. 71 da CF, somente nos casos que envolvem aplicação de recursos repassados pela União a Estado, ao Distrito Federal ou a Município, mediante convênios, acordos, ajustes ou outros instrumentos congêneres, a competência para julgamento das contas do chefe do Poder Executivo Municipal é do Tribunal de Contas da União.
Dessa forma, o acórdão do Tribunal de Contas do Município que aponta irregularidades na prestação de contas do prefeito não é apto a ensejar a inelegibilidade por rejeição de contas, em razão da competência da Câmara Municipal.
Nesse entendimento, o Tribunal, por unanimidade, desproveu o agravo regimental.
Agravo Regimental no Recurso Especial Eleitoral nº 35.802/CE, rel. Min. Gilson Dipp, em 1º.3.2012.

Fonte: http://www.justicaeleitoral.jus.br/arquivos/tse-informativo-ano-14-no-4